Si tienes instalado el jdk, no necesitas instalar ningún otro, ejecuta
sudo update-alternatives --config java
selecciona el jdk
respecto a la ejecución del archivo.jar , podrías crear un script que sería semejante a
Código BASH:
Ver original#!/bin/bash
cd ruta absoluta de la carpeta contenedora del archivo.jar
java -jar ./archivo.jar
le das permisos de ejecución y a ese Script lo puedes ejecutar con un lanzador