Pues vienen así por defecto porque tienes la opción de añadir archivos por controladores. Si usas la configuración por defecto de rails, que tiene un
require_tree ., Sprockets incluirá (concatenará) en un archivo application.js/css todos los archivos del directorio de forma recursiva, por lo que realmente da igual el nombre de los archivos.
Hay varias formas de usar la
asset pipeline. Mírate el enlace de las guías de rails. Están muy bien hechas y está todo explicado al detalle.
Todo esto no tiene mucho que ver con MVC. Es algo muy particular de RoR.