En primer lugar mira esto si no lo has hecho, y si ya lo has mirado, siguelo al pie de la letra.
http://www.maestrosdelweb.com/editorial/phpmysqlap/
Respecto a tu primer problema, el apache lo puedes iniciar automaticamente al arrancar windows, o bien manualmente a través de un acceso directo p. ej. Luego está el programa apache manager que ejecuta apache como un icono al lado del reloj en vez de una ventana de msdos.
Y de tu segundo problema, parece que el PHP está mal instalado, revisa la guia que te di y sigue bien todos los pasos.