Por si le interesa a alguien, lo solucioné en este mismo foro:
http://www.forosdelweb.com/f13/enviar-datos-ventana-hija-padre-con-window-opener-no-funciona-firefox-853222/
Como lo que me muestra en el popup es un Select de una base de datos, e realizo un "contador" en la variable del campo del formulario:
Código PHP:
Ver original<a onClick="javascript:window.opener.document.formcol.CAPCOMU.value = window.document.editcol.CAPCOMU2<?php echo $contador; ?>.value;window.close();">Agregar Clave</a>
Donde $contador antes del While es 1 y dentro del While $contador++
Muchas gracias
Saludos!