Cita:
Iniciado por Josue_ 
Gracias. De acuerdo a la arquitectura MVC dónde deben estar ubicadas las clases que tienen métodos de instancia? En la misma carpeta "model"?.
Y con "normal" te refieres a una clase?
Tu puedes organizar tus archivos y directorios como quieras, el modelo no te sugiere, ni te limita en ese sentido.
Complementando las opiniones de pateketrueke y dashtrashen; te sugiero que investigues sobre estas perspectivas de diseño de software :
- RDD (Responsibility Driven Design)
- DDD (Domain Driven Design)