Cita: Me gustaría partir del código del repositorio, cual es el método ideal? FTP? hacer clone?
Igual depende de lo que quieras implementar para ello.
Puedes usar Git para lo mismo, por ejemplo Heroku usa Git para hacer deployment.
O bien, si quieres hacer más tradicional, después de hacer un build puedes sincronizar cambios con RSync.
Si lo quieres hacer a la antigua desde luego que puedes usar FTP sin contratiempos, el tema es que no hay escenario ideal más que el tuyo propio.
Cualquier forma es válida siempre y cuando cumpla su objetivo.