No soy muy experto en esto pero creo que deberías hacer algo así:
    
Código Apache:
Ver original- RewriteEngine on 
- RewriteRule ^css/(.+)$ css/$1 [L] 
- RewriteRule ^js/(.+)$ js/$1 [L] 
- RewriteRule !(^static) FrontController.php 
Los directorios CSS y JS se accederían de forma normal porque se ejecutan antes del FrontController.php:  
http://web.tld/css/common.css http://web.tld/js/common.js http://web.tld/modulo/recurso 
Pruébalo y nos cuentas
Saludos!