Vale, creo que voy entendiendo.
Una cosa mas, la estructura de la base de datos.
Cuando pides las url, el campo se llama bm_url.
Ese campo guarda una sola url? Es decir, un usuario solo puede guardar una unica url?
En el caso de poder guardar mas de una, se guarda dentro del mismo campo?
Si se guarda en otro campo, como se llama ese campo?
Porque a fin de cuentas, lo unico que tienes que decirle a la BDD es que te de las que sean distintas a las del usuario.
Vamos a suponer que solo hay un campo con una unica url
Código PHP:
$usuario = $_COOKIE['usuario'];
//Buscas la url de ese usuario
$sql="SELECT campo_url FROM tabla WHERE Usuario = '$usuario'";
$result =...;
$row = mysql_fetch_assoc($result);
//Despues, cuando solicitas las URL de todos
$consulta_uno = "SELECT bm_url FROM bookmark WHERE username = '$usuarios'";
//Añade esto
$consulta_uno = "SELECT bm_url FROM bookmark WHERE username = '$usuarios' AND bm_url != '".$row['campo_url']."'";
Pero como te digo, este codigo cambia dependiendo de lo que te he preguntado al principio.
Algo asi es lo que quieres, no?