Se anula el resto de instrucciones de la función pues el
return
genera eso. Creo que tiene sentido, es decir, si algo no está bien, lo recomendable sería corregirlo antes de seguir evaluando el resto. Otra opción que puedes considerar es agregar elementos
<label>
o
<span>
al costado de cada campo y cuando alguno esté incompleto, en lugar de mostrar la alerta y cortar la función, muestras un mensaje en cada
<label>
o
<span>
(el que elijas).
EJEMPLO
Saludos