Cita: chivacker es el segundo post que veo en el que aconsejas mal, JavaScript por si no lo sabias o no has leido bien la pregunta no corre de lado de servidor
Como respuesta te diria que si has usado php, te sigas haciendo con ello.
A la hora de programar mas que el lenguaje es la estructura que uses para ello.
El modelo MVC te vendria bien para tener todo mas organizado y si fuera HMVC seria mejor opcion.
Si programas en php podrias mirarte informacion de
CodeIgniter o
Symfony los cuales usan estos tipos de modelos de programacion y te facilitaran la tarea de programacion.