Bueno, lo primero que haría es agregar a tu tabla de usuarios 2 campos adicionales.
1_ Campo
Codigo --> Acá generaríamos un código único para validar el link
2_ Campo
Habilitado default 0 --> Acá una vez que se haga click en el link enviado por mail, se valida el código generado, de existir el código realizamos update en el campo habilitado en 1.
Antes de hacer la inserción puedes agregar esto.
Código PHP:
Ver original$length = 15; // Cantidad de dígitos que tendrá tu código para validar
$pattern = "1234567890abcdefghijklmnopqrstuvwxyz";
for($i=0;$i<$length;$i++) {
$key .= $pattern{rand(0, 35)}; }
y en el campo Codigo insertas la variable $key
Una vez insertado el usuario envías el mail con el link que tenga el Id del usuario + otro parámetro con el código que generamos.
Espero se entienda.
Saludos.