Si lo que quieres es documentar la aplicacion yo uso
phpdocumentor el cual posee caracteristicas para crear distintos tipos de documentacion, para desarrollador, oficial, etc.
Es gratuito y extensamente documentado.
Su sintaxis es facil y descriptiva.
La escritura del documento se usan los comentarios de php, con lo que es facil la administracion de las caracteristicas al mismo tiempo que se escribe el programa.
Te recomiendo que mires su documentacion para ver si se amolda a tus necesidades