Buenas,
Para responder correctamente a esta pregunta habria que trabajar y dominar completamente ambas plataformas, un perfil que no creo que abunde, dada la complejidad, el esfuerzo y los anyos que requiere simplemente dominar una de ellas.
Por contestar superficialmente, comentar que la ultima novedad a nivel de lenguaje en java son las expresiones lambda que permite introducir la programacion funcional en Java:
http://docs.oracle.com/javase/tutori...pressions.html
Esto ya existia desde hace tiempo en C#.
Respecto a Big Data, considero que esta igual de avanzado que .Net. Lo que se utilizan al final son herramientas. Es cierto que Hadoop esta desarrollado en Java, pero puede ser integrado en multiples lenguajes y plataformas.
Respecto a:
Cita: Una de las ventajas de Java historicamente fue soporte sobre Linux, pero eso esta llegando a .Net este año
Esto hay que verlo. Por ahora lo unico que ha hecho Microsoft es anunciarlo, pero aun estoy esperando ver un IIS corriendo sobre CentOS
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Un saludo