Problema lentitud conexión con base SQL

[orodrf]

Me supongo que tu entorno debe ser asi, un servidor c/PHP(linux) que accede remotamente a PC WINDOWS c/SQL SERVER, porque hasta donde se SQL SERVER no corre en linux.

Yo haría la siguiente prueba desde un terminal windows (sin involucrar a tu servidor linux c/PHP ni al SQL SERVER) mediante ODBC crearía una conexion y mediría el tiempo de respuesta de la primera conexion al siguiente dia utilizando la IP del SQL SERVER para accederla. (prueba de conexion)

Luego podrías probar alguna consulta mediante libreoffice o cualquier otro programa (existen cientos de clientes SQL PORTABLES inclusive), configurarlo para que se conecte via ODBC utilizando la conexion que ya probaste para tratar de ejecutar una consulta a una tabla y medir el tiempo de respuesta.(prueba de consulta)

Esto se traduce en que: si persiste la demora el problema esta en SQL SERVER, si no el problema podría estar en tu SERVER c/PHP.

Ojala descubras el problema.