Ya creo comprender... Pero si te leiste el manual de MySQL, al inicio viene como ingresar a modo comando. Si usas Wintendo, entras a modo DOS (INICIO, PROGRAMAS, ACCESORIOS, SIMBOLO DEL SISTEMA). Luego te pasas al directorio donde instalaste MySQL (por defecto lo deja en C:\MySQL a menos de que cambiaras la ruta). Luego de estar dentro de MySQL, te vas al directorio BIN.
Ahi digitas
mysql -u (usuario) -p (clave) te va a volver a pedir la clave y se la digitas. Luego podes crear, borrar, modificar tus BD si tenes derechos de administrador.
4.8.2 mysql, The Command-line Tool