Hola,
No sé si CentOS, cPanel o Plesk tendrá algún tipo de package con Glassfish previamente definido listo para instalar o existirá alguna forma diferente de instalarlo. Aunque desde mi punto de vista personal, aunque trajeran un package yo preferiría descargar directamente del vínculo que mostraste.
Ahora la diferencia está en que uno es el Web Profile (-web) y otro el Full Profile. El Full Profile trae todo Glassfish mientras que el Web trae algunas cosas menos. Pero también tienes que observar que el el Full es mas grande y consume mas recursos en general.
Todo depende de lo que quieras obtener, si te alcanza el web profile (si tiene todo lo que necesitas) o sino tendrías que instalar el full profile. No encontré las diferencias para la versión 4.1, pero con este vínculo te podrás dar una idea del 3.1.
https://glassfish.java.net/webprofil...atform31x.html
Saludos,