Puede ser un tema de caché. Podés agregar una cadena a la url del archivo javascript. Por ejemplo, si tenías esto:
 
Código:
 <script src="algo.js"></script>
  Podés modificar la url, sin generar problemas, de esta manera: 
Código:
 <script src="algo.js?version=1"></script>
  Si luego querés probar de nuevo: 
Código:
 <script src="algo.js?version=2"></script>