Cita: Pero como el script principal pasa por un bucle que realiza varias consultas e inserciones en mi base de datos por cada uno de los usuarios. Me temo que al crecer el numero de usuarios acabe funcionando muy lento o dando problemas.
Algo muy importante que tienes que tener en cuenta es que el ejecutar tu query sin tenerlo almacenado en un cache del servidor de base de datos va bajar el rendimiento, ya que por cada vez que lo ejecutas el servidor de base de datos lo tiene que compilar y ejecutar.
Para este caso utiliza prepare statements que se encargan de "Cachear" los queries.
Citando la documentación de PHP en
http://php.net/manual/es/pdo.prepare.php :
Cita: Llamar a PDO::prepare() y a PDOStatement::execute() para sentencias que serán ejecutadas en múltiples ocasiones con diferentes parámetros optimiza el rendimiento de la aplicación permitiendo al driver negociar en lado del cliente y/o servidor el almacenamiento en caché del plan de consulta y meta información, y ayuda a prevenir inyecciones SQL eliminando la necesidad de entrecomillar manualmente los parámetros.
NOTA: Esto aplica para PDO.