El único programa que conozco capaz de reparar discos duros a nivel físico (volviendo a magnetizar sus sectores) es el siguiente -
http://www.dposoft.net/hdd.html
Igualmente sólo te servirá para realizar un backup o similar, ya que la reparación o suele durar mucho (lo bastante para hacer una copia de seguridad), cuando un disco duro falla ... pues falla... vamos hasta ahí llegó su vida útil...