Buenas,
Y no es posible instalarlo? En tu post no dices que no puedas hacerlo. Por otro lado en la mayoria de distros linux viene instalado por defecto.
En cualquier caso, el problema que tienes al renderizar el PDF apostaria que esta relacionado con la fuente utilizada.
https://pdfbox.apache.org/1.8/cookbo...withfonts.html
Te pasa lo mismo con otros PDFs?
Suerte y un saludo