Hola
fido-strike
Herramientas de gestión hay muchas y no por ello dedicadas exclusivamente al SEO. Por ello voy a enumerar algunas que en lo particular suelo utilizar.
Existen proyectos que no requieren siquiera un garabato en el papel; por otro lado, otros se prolongan en el tiempo, requieren participación de otros sectores y siempre es una buena idea trabajar con programas que soporten la administración y el seguimiento de tareas (
Ganttt, etc.).
En algún momento he escrito una reseña sobre
Tom's Planner; es gratis y no requiere descargar ningún programa ya que se puede utilizar cómodamente una versión Web sin muchas limitaciones.
Por otro lado el uso de mapa mentales resulta práctico para trabajar con ideas, planificación de recursos o cualquier cosa que tenga una relación jerárquica al respecto de otra. Yo, particularmente utilizo
XMind 
Hay disponible una versión gratis que resuelve la mayoría de los requerimientos que este tipo de herramientas ofrece.
Para la toma de notas, cuando necesito tener las mismas sincronizadas con todos los dispositivos que utilizo; no he encontrado—todavía—ningún reemplazo a
Evernote.
El complemento final, es el uso de planillas de cálculo. De a poco estoy migrando muchas cosas desde
OpenOffice a
Documentos de Google, también por lo que tiene que ver la portabilidad de información. De todas maneas sea cual fuese la plataforma, no tengo duda alguna que el uso de planillas de cálculo es uno de los principales aliados del SEO.
Podría prescindir de muchas de las herramientas anteriormente descriptas, pero nunca de una planilla de cálculo.
Por cierto ¡Felicitaciones por tu nuevo trabajo!