Buenas,
Nunca me he encontrado con ese problema. Me parece extraño que pdfbox no saque los datos.
Por lo que he visto hay muchas herramientas para hacerlo. Esta parece bastante sencilla de utilizar:
http://www.ghost4j.org/
Aquí tienes un simple ejemplo de como hacer la conversión:
http://www.ghost4j.org/highlevelapisamples.html
Sección -> Render a PDF document using SimpleRenderer
Un saludo