Como perder no se pierde nada siempre y cuando mantengas la misma estructura de enlaces o crees redirecciones. Si actualizas los enlaces de las secciones deberás actualizar los URL destino de los anuncios.
Aprovechando que se está trabajando en un rediseño podrías ofrecer crear landing pages orientadas a mejorar las conversiones de AdWords y depaso te ganas unos billetes más.