Bueno ya pude solucionarlo, pongo la pongo la sección que me daba problemas:
Código HTML:
if (typeof(separa[0]) != 'undefined'){
var palabra0 = separa[0];
palabra0Recorte = palabra0.substring(0,3);
alert(palabra0Recorte);
}
if (typeof(separa[1]) != 'undefined'){
var palabra1 = separa[1];
palabra1Recorte = palabra1.substring(0,3);
alert(palabra1Recorte);
}
if (typeof(separa[2]) != 'undefined'){
var palabra2 = separa[2];
palabra2Recorte = palabra2.substring(0,3);
alert(palabra2Recorte);
}
if((typeof(palabra0Recorte)!='undefined' && typeof(palabra1Recorte)!='undefined') && typeof(palabra2Recorte)!='undefined')
{ alert('largo');
parcial = palabra0Recorte+palabra1Recorte+palabra2Recorte;
codEmp = parcial.substring(0,6);
alert(codEmp);
}
else if(typeof(palabra0Recorte)!='undefined' && typeof(palabra1Recorte)!='undefined')
{
alert('medio');
parcial = palabra0Recorte+palabra1Recorte;
codEmp = parcial.substring(0,6);
alert(codEmp);
}
Al parecer no entraba nunca al 5to if por que tomaba el valor de undefined y pues nunca se cumplía.
Gracias a moginn, por regalrme un poco de tu tiempo!