Para gustos, colores.
Yo suelo utilizar NetBeans, o bien, ST3/Atom (son más livianos, pero no por ello menos customizables!).
Eclipse no lo conozco :/
Sobre los gráficos, prueba con Highcharts, y para BBDD utilizo un programa para probar consultas / ver datos / modificar que se llama HeidiSQL
Saludos!