Si haz trabajado con PHP y con socket.io sabes que no interfiere uno con otro, normalmente uno corre PHP con apache en el puerto 80 y el servidor de sockets en otro puerto (3000, 4000, etc). Por lo menos así lo verás en cientos de tutoriales.
Personalmente yo tendría frente todo un nginx con fastcgi para PHP y proxear los websockets.
Saludos
