Necesito consejos sobre como guardar datos en unas BD

[gnzsoloyo]

Todas en la misma base...
Una base se crea no para distribuir tablas, sino porque concentran los datos de subsistemas definidos.
Una base de administración de Clientes puede ser independiente de la base de Ventas, aunque se usen sus datos, porque la de Ventas apunta al subsistema Comercial, mientras que el manejo de Clientes es administrativo, lo mismo que la base de empleados. En estos casos la base de Ventas consulta a Clientes, pero los ABM de Clientes son responsabilidad exclusiva de otro departamento, por lo que la división en esquemas permite poner restricciones a nivel de usuario para acceder a ellas.

¿Se entiende?

Ahora bien, cuando el sistema integra las áreas con gran acoplamiento, todas las tablas van en la misma base, como en tu caso.
Yo trabajo en una empresa con más de 50 esquemas de BBDD, y sólo el esquema de ventas posee 660 tablas. Y no son muchas para el negocio...