Cita: todo esto ya lo e sacado y estudiado pero no encuentro nadie que me diga en que afectan el relacionar una llave primaria con otra llave primaria se puede hacer o no se debe hacer
Es que tu pregunta no es concreta, es muy abstracta y no se entiende.
Ejemplifica a qué te refieres con "afectar". En especial explicate a qué te refieres con lo de relacionar una PK con otra PK. Eso no queda claro.
Nota: Una relación FK->PK es una dependencia funcional que entre otras cosas determina el orden de inserción / actualización / borrado.
Por otro lado, una FK puede no ser PK en la tabla donde existe, aunque puede serlo, o bien puede ser parte de la PK. Depende de cómo se diseñaron las relaciones y de dónde surgen.