¿Estás concatenando un array a una cadena?
De esa manera, estarías enviando a los valores seleccionados, contenidos en una sola variable y separados mediante comas. Creo que mejor sería que envíes al array como un objeto JSON,
parseándolo con el método
JSON.stringify y en tu archivo PHP, lo decodificas con la función
json_decode.
Saludos