Aquí tenéis el código.
Código:
JFileChooser JFCO = new JFileChooser();
File f2 = new File("ErFicheraco.pdf");
JFCO.setFileSelectionMode(JFileChooser.SAVE_DIALOG);
JFCO.showSaveDialog(null);
Justo encima está la creación del PDF con iText, que se genera bien, y he creado la variable File que se solo para asignar el PDF al diálogo.
Me da igual que no sea la solución más eficiente, a estas alturas con que funciona sin sobresaltos me basta.