Hola
Creo tener la solución.
El problemas es el CSS, al convertir un elemento de relative a fixed el elemento inferior sube todo el espacio que tenia el relative. A ver si me explico:
Tienes un header que mide 200, un margen de 10 y debajo de esto otro div, lo que significa que el div esta a 210 de arriba. Al pasar a fixed, los 200 se eliminan, entonces tu div ahora esta a 10 de arriba, has perdido 200px de información.
La solución es al convertir a fixed tienes que añadir un margin-top a el div de abajo, para que se baje y no pierdas nada.
Saludos.