Lo del include es sencillo, es php.
Hacé una pagina ".php" que será la que quieras modificar en esas 1000 páginas que decís, y en esas otras 1000 lo único que tenes que hacer es colocar:
Código PHP:
<?php include("ejemplo.php"); ?>
donde quieras que se muestre el contenido. Y solo deberías cambiar lo que escribiste en "ejemplo.php" para que se muestre en las demás paginas.
Espero haberme explicado bien jaja
Saludos!