Hola juanito1712:
Suponiendo que el id de un padre siempre será menor que el id de un hijo, puedes hacerlo así:
Código MySQL:
Ver original+------+-------+---------+
| id | padre | nombre |
+------+-------+---------+
| 1 | 0 | 1 |
| 2 | 0 | 2 |
| 3 | 1 | 1.1 |
| 4 | 2 | 2.1 |
| 5 | 3 | 2.1.1 |
| 6 | 5 | 2.1.1.1 |
+------+-------+---------+
+------+-------+---------+
| id | padre | nombre |
+------+-------+---------+
| 1 | 0 | 1 |
| 3 | 1 | 1.1 |
| 2 | 0 | 2 |
| 4 | 2 | 2.1 |
| 5 | 3 | 2.1.1 |
| 6 | 5 | 2.1.1.1 |
+------+-------+---------+
haz la prueba y nos comentas, si tienes problemas, postea los casos que no cumplen con la ordenación para poder indicarte alguna otra alternativa.
Saludos
Leo.