En esta sección hasta arriba hay un tema de convertidores gratis, y en el post de abajo hay una plantilla html5 que puedes tomar como modelo.
http://www.forosdelweb.com/f3/conver...2/#post4604390
Necesitas 2 versiones, mp4 y ogv. En ciertos navegadores se usa un fallback con flash, pero son los menos los que lo usan. El flash es sólo el reproductor para navegadores viejos, ese reproductor usa el mismo mp4.