Cita: foreach ($resultx as $row2)
{
return $this->db
->select('pdo_afectacion')
->where('nro_serie',$row2[nro_serie])
->get('HR')
->result_array();
}
Éste trozo tiene mala pinta.
Recorres el resultado de la primera query sólo una vez porque estás haciendo un return y sale de ahi.