Usa este programa:
http://www.digitalvolcano.co.uk/textcrawler.html
Te recomiendo que uses la versión 2.5, no la 3
La versión 2.5 permite hacer sustitución en batch, o sea una serie de sustituciones. Estas pueden ser incluso multilínea. En la versión 3 esa opción la están dejando para la versión pro.
Phperos te dá una opción que se hace antes, o sea
planeando un site, por ejemplo el menú se pone en un include.
El programa que te recomiendo es para hacer un parche, pero si es contínuo ese cambio o es modular, comienza a emigrar a includes.