Cita: Creen que estoy siguiendo la idea de MVC correctamente?
No, lo único que tienes es separación de código.
Crear una implantación del modelo MVC no es una tarea trivial, así que tienes muchas cosas que mejorar y mucho que leer.
Lo que te puedo aconsejar es que mejor instales composer y después Slim:
http://www.slimframework.com/ es un micro framework que te tomara unos minutos comenzar a usar y se acerca a lo que estas haciendo. La ventaja adicional de esto es que puedes comenzar tu proyecto y además mirar el código y aprender como se implementan algunas cosas.