Hola.
Si tu base de datos del servidor es SQL Server, te sugiero que en la Pocket PC emplees SQL Server Compact Edition (en lugar de SQLite), y emples la funcionalidad de replicacion que proporciona SQL Server.
Puedes ver un poco de informacion al respecto en los siguientes enlaces:
http://technet.microsoft.com/en-us/l...=sql.105).aspx http://technet.microsoft.com/en-us/l...ql.105%29.aspx