¿Si sabes que PHP se ejecuta en el servidor mientras que Javascript se ejecuta en el navegador verdad?
¿Entonces por qué piensas que se puede ejecutar código PHP a través de Javascript?
Tal cual colocas el código jamás funcionará mientras no entiendas la diferencia.
La única forma de ejecutar código PHP a través de Javascript, de manera periódica, es invocando una petición al servidor.
¿Por qué?
Porque PHP se ejecuta únicamente en el servidor, pero eso ya lo sabías.
Es decir, la rutina que actualiza el archivo está bien, es lo única que debe hacer.
Sólo debes invocar dicha rutina usando una llamada AJAX porque el código PHP que incluyes ahí no sirve de nada.
