Error 404 al ejecutar archivo php fuera del directorio raiz

[desoler]

ok, te decias que hagas esa prueba por que a mi me pasaba que el programa para subir por ftp (cyberduck) me subia el archivo corrupto, solo lo puedo leer si lo subo por sftp por ftp solo no lo puedo leer, por que no se, pero ese era el error.
Probaste en crear otro directorio y subir el archivo ahi? puede que el directorio sea el que esta corrupto y por eso no puedes ejecutar ningun archivo y que el directorio tenga los permisos.
Sin duda el error es del directorio no del archivo, ya que fuera de el te funciona bien.