Ya solucioné el problema.
Respecto a la respuesta de Tedel, te lo agradezco, pero en cuestión de SEO considero que es importante que aparezca toda la ruta (carpetas), ya que el nombre de las mismas (creo) me sería muy útil.
La solución la encontré sacando los "index.php" de las carpetas anidadas; es decir, he creado un archivo llamado "actividad.php" en la raíz y otro llamado "subactividad.php" también en la raíz. No obstante, seguía teniendo el mismo problema, por lo que hice una pequeña variación en los RewriteRule.
Originalmente, los RewriteRule eran así:
Código PHP:
RewriteRule ^(.+)/(.+)/actividades/(.+)/$ carpeta1/carpeta2/actividades/actividad/index.php?c=$1&b=$2&a=$3 [L,QSA]
RewriteRule ^(.+)/(.+)/actividades/(.+)/(.+)/$ carpeta1/carpeta2/actividades/actividad/subactividad/index.php?c=$1&b=$2&a=$3&x=$4 [L,QSA]
Y ahora están así:
Código PHP:
RewriteRule ^(.+)/(.+)/actividades/(.+)$ actividad.php?c=$1&b=$2&a=$3 [QSA]
RewriteRule ^(.+)/(.+)/actividades/(.+)/([a-zA-Z0-9-]+)/$ subactividad.php?c=$1&b=$2&a=$3&x=$4 [QSA]
Espero que si alguien tiene el mismo o parecido problema, le pueda ayudar.