Al fin...
lo dejo por si alguien le interesa:
Código PHP:
var tableReg = document.getElementById('Mitabla');
var filas=tableReg.getElementsByTagName('tbody');
for (var i = 0; i < filas.length; i++) {
var var2=tableReg.tBodies[i].rows[0].cells[2].childNodes[0].value; //Accedo en cada tbody a la celda 2 de la fila 0
}
Un saludo