Estube mirando lo de IonCube, realmente modificar esas variables que muestras no es posible sin conocer el funcionamineto interno de este, el problema es que es software de licencia y no encontraras nada de como funciona, en ese caso deberias buscar en tu empresa una copia del proyecto en php o mirar algun decoder de IonCube.
http://www.ioncube.com/tutorials/encoder_gui/ http://www.decry.pt/ioncube-decoder.php
Igualmente decodificar las cosas puede traer algunos problemas o cambios en el programa, la mejor opcion es buscar el proyecto original.