Te lo vuelvo a repetir: la implementación de PDO no está escrita en código PHP.
Dudo que el manual de PDO (para PHP) explique cómo es su funcionamiento interno.
Así que para entender qué es lo que hace internamente tendrás que leer el código fuente de dicha extensión (que no es código PHP), las fuentes las puedes consultar en el mismo manual de PDO, etc.