Aunque no he construido todavía el instalador, he hecho varias pruebas, y parece que me estoy acercando.
He tenido que crackear el WAMP duplicando varias DLL de la carpeta PHP a Aapache para poder iniciar desde el fichero httpd.exe el servidor sin que me de errores, y el fichero batch (.bat) va bien.
Ahora tengo el siguiente problema, y es que no puedo ejecutar los servicios en segundo plano, así que el fichero .bat ha quedado así, dentro de la carpeta de WAMP.
Código:
@echo
start bin\apache\apache2.4.9\bin\httpd.exe
start bin\mysql\mysql5.6.17\bin\mysqld.exe
java -jar aplicacion\programajava.jar
Abriré otro hilo por ahí, a ver si me pueden ayudar con este tema, si consigo que el .bat ejecute las cosas en segundo plano, creo que ya estará todo hecho, aunque no hay que cantar victoria antes de tiempo.