Tienes dos opciones para esto, la primera es que no lo hagas tu y uses la consola de symfpny 2 para esto.
Código BASH:
Ver original#crear la base de datos
app/console doctrine:database:create
#crea tu eschema
app/console doctrine:schema:create
La otra opción es la que comentas y para eso solo necesitas un FK apuntando al Id de la tabla que representa a la clase base de tu jerarquía de clases.