Preference > General > Workspace > Text File Encoding
Preference > Web >CSS Files, HTML Files, JSP Files
Sobre el proyecto Properties > Resource > Text File Encoding
Esto lo que se refiere al proyecto, pero tienes que cambiar también el encoding del servidor, y tener en cuenta que dependiendo de qué métodos uses puede tomar por defecto el encoding del SO, si estás en windows no es UTF8.
http://wiki.apache.org/tomcat/FAQ/CharacterEncoding