tienes dos tareas, por un lado crear un proyecto multisite, revisa este link
http://codex.wordpress.org/Create_A_Network puedes diferenciar las tiendas o sitios por subdominios o por carpetas, ejemplo tienda1.tudominio.com o tudominio.com/tienda1 respectivamente. La más simple de configurar es por carpetas, ya que por subdominio deberas jugar un poco configurando el servidor.
Luego el plugin más popular por su facilidad de uso es WooCommerce, la verdad nunca he probado la combinación de ambos, te tocará jugar y hacer pruebas.
Saludos.