Cita: ¿Magento, Prestashop, quedarnos con la cosa esta o crear algo propio?
Yo recomiendo siempre software a medida.
Si compraste el código fuente, ya es algo propio.
Si vas a hacer algo nuevo, lo que recomiendo es esto:
Contrata a los mejores profesionales que puedas para que hagan un análisis de tu empresa y realicen las especificaciones técnicas para desarrollar el sistema.
Luego contrata a profesionales que trabajen dentro de tu empresa y desarrollen las especificaciones que que las personas mas calificadas elaboraron. De esta forma, tu y tu empresa son realmente las dueños del sistema. Si vas a hacer esto, no hables de retrocompatibilidad, debes tirar todos los sistemas existentes que tengas y reemplazarlos por uno único mas grande que abarque todos y cada uno de los sectores de tu empresa.
Por supuesto, esa es solo mi opinión.