Si así es le faltaba el
AND
Asi fue como quedo y por el momento funciona de maravilla. muchas gracias a los 2
Código PHP:
$check = $_POST['seleccion'];
foreach ($check as $value){
mysql_query("DELETE FROM user_badges WHERE user_id= '".$userid."' AND badge_id='".$value."'") or die(mysql_error());
}